Výuka
Práce s počítačem a programování
- Předmět NOFY087 v SISu – zimní semestr, 2/1 KZ
- Předmět má svoji zvláštní stránku
Metody magnetické rezonance v biofyzice
- Předmět NBCM112 v SISu – letní semestr, 3/0 Zk
- Základní kurz magnetické rezonance (NMR, MRI, EPR) s ohledem na použití v biofyzice a chemické fyzice
Fyzika živých organismů
- Předmět NAFY032 v SISu – letní semestr, 2/1 Z+Zk
- Upoutávka zde
Vedení studentských prací
Aktuální nabídka
Obhájené
- Martin Plšek, Bc., Fyzika, Studium vlastností nových kontrastních látek pro zobrazování magnetickou rezonancí, 2023
- Hana Bušková, Mgr., Biofyzika a chemická fyzika, Vznik a stabilita DNA minivlásenek, 2021
- Anton Bokach, Bc., Obecná fyzika, Concentration-dependent topology of telomere DNA quadruplexes, 2020
- Ráchel Sgallová, Mgr., Biofyzika a chemická fyzika, Termodynamika tvorby DNA vlásenek, 2019
(cena děkana MFF UK a druhá cena v soutěži mladých autorů v oboru spektroskopie) - Hana Bušková, Bc., Obecná fyzika, Tání dvoušroubovice DNA obsahující methylovaný CpG motiv, 2018
- Yulia Bobrova, Bc., Aplikovaná fyzika, Relaxační časy jader fluoru v chelátech s lanthanoidy, 2018
- Ondřej Socha, Mgr., Biofyzika a chemická fyzika, Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie, 2016
- Ondřej Socha, Bc., Obecná fyzika, Studium lokálních změn ve stabilitě dvoušroubovice DNA po methylaci cytosinu pomocí jaderné magnetické rezonance, 2014
Odborné zájmy
- stabilita dvoušroubovice DNA
- konformační změny molekul v roztocích
- jaderná magnetická rezonance (NMR)
- strukturní změny v pevných látkách (aplikace NMR na oxidy hliníku a polymery)
Odborný životopis
2023–
Akademický pracovník, KFNT MFF UK
2020–2022
Postdoktorand, ETH Curych
2009–2020
Věděcký pracovník, KFNT MFF UK
2009–2018
Ph.D. na MFF UK, obor 4F4 – Biofyzika, chemická a makromolekulární fyzika
Disertační práce: NMR studium oligonukleotidových struktur
Školitelka: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
2011–2012
Učitel fyziky, Gymnázium Jana Keplera, Praha
2007–2009
Mgr. na MFF UK v oboru Biofyzika a chemická fyzika
Diplomová práce: NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA
Školitelka: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
2004–2007
Bc. na MFF UK v oboru Obecná fyzika
Bakalářská práce: Sledování teplotně indukovaného rozpadu dvojšroubovice DNA pomocí jaderné
magnetické rezonance vysokého rozlišení
Školitelka: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
2000–2004
Gymnázium Jana Keplera, Praha
Seznam publikací obsahuje i publikace mimo MFF UK:
Seznam publikací
- Nguyen Minh-Ha, Palfy Gyula, Fogeron Marie-Laure, Ninot Pedrosa Marti, Zehnder Johannes, Rimal Vaclav, Callon Morgane, Lecoq Lauriane, Barnes Alexander, Meier Beat H., Böckmann Anja; Analysis of the structure and interactions of the SARS-CoV-2 ORF7b accessory protein; Proceedings of the National Academy of Sciences 121(46); 2024; 2017; doi: 10.1073/pnas.2407731121
- Římal Václav, Bunyatova Eleonora I, Štěpánková Helena; Efficient Scavenging of TEMPOL Radical by Ascorbic Acid in Solution and Related Prolongation of 13C and 1H Nuclear Spin Relaxation Times of the Solute; Molecules 29(3); 2024; 738; doi: 10.3390/molecules29030738
- Callon Morgane, Luder Dominique, Malär Alexander A., Wiegand Thomas, Římal Václav, Lecoq Lauriane, Böckmann Anja, Samoson Ago, Meier Beat H.; High and fast: NMR protein–proton side-chain assignments at 160 kHz and 1.2 GHz; Chemical Science 14(39); 2023; 10824––10834; doi: 10.1039/D3SC03539E
- Římal Václav, Callon Morgane, Malär Alexander A., Cadalbert Riccardo, Torosyan Anahit, Wiegand Thomas, Ernst Matthias, Böckmann Anja, Meier Beat H.; Correction of field instabilities in biomolecular solid-state NMR by simultaneous acquisition of a frequency reference; Magnetic Resonance 3(1); 2022; 15–26; doi: 10.5194/mr-3-15-2022
- Callon Morgane, Malär Alexander A., Pfister Sara, Římal Václav, Weber Marco E., Wiegand Thomas, Zehnder Johannes, Chávez Matías, Cadalbert Riccardo, Deb Rajdeep, Däpp Alexander, Fogeron Marie-Laure, Hunkeler Andreas, Lecoq Lauriane, Torosyan Anahit, Zyla Dawid, Glockshuber Rudolf, Jonas Stefanie, Nassal Michael, Ernst Matthias, Böckmann Anja, Meier Beat H.; Biomolecular solid-state NMR spectroscopy at 1200 MHz: the gain in resolution; Journal of Biomolecular NMR 75(6-7); 2021; 255–272; doi: 10.1007/s10858-021-00373-x
- Laguta V., Buryi M., Pejchal J., Uličná K., Římal V., Chlan V., Štěpánková H., Zagorodniy Yu, Nikl M.; Incorporation of the Ce3+ activator ions in LaAlO3 crystals: EPR and NMR study; Journal of Solid State Chemistry 313(June); 2022; 123295; doi: 10.1016/j.jssc.2022.123295
- Zoul D., Koplová M., Zimina M., Libera O., Rosnecký V., Košťál M., Šimon J., Schulc M., Vinš M., Cabalka M., Kučera J., Strunga V., Štěpánková H., Římal V., Čížek J., Štěpánek J., Procházka M.; Study of chemical processes in irradiated polycarbonate in the context of its applicability for integrating dosimetry of high doses; Radiation Physics and Chemistry 177(July); 2020; 109203; doi: 10.1016/j.radphyschem.2020.109203
- Hanzlíček Tomáš, Perná Ivana, Uličná Kateřina, Římal Václav, Štěpánková Helena; The Evaluation of Clay Suitability for Geopolymer Technology; Minerals 10(10); 2020; 852; doi: 10.3390/min10100852
- Tesar Tomas, Musalek Radek, Lukac Frantisek, Medricky Jan, Cizek Jan, Rimal Vaclav, Joshi Shrikant, Chraska Tomas; Increasing α-phase content of alumina-chromia coatings deposited by suspension plasma spraying using hybrid and intermixed concepts; Surface and Coatings Technology 371; 2019; 298–311; doi: 10.1016/j.surfcoat.2019.04.091
- Tesar Tomas, Musalek Radek, Medricky Jan, Kotlan Jiri, Lukac Frantisek, Pala Zdenek, Ctibor Pavel, Chraska Tomas, Houdkova Sarka, Rimal Vaclav, Curry Nicholas; Development of suspension plasma sprayed alumina coatings with high enthalpy plasma torch; Surface and Coatings Technology 325; 2017; 277–288; doi: 10.1016/j.surfcoat.2017.06.039
- Kozic Ján, Novák Zdeněk, Římal Václav, Profant Václav, Kuneš Jiří, Vinšová Jarmila; Conformations, equilibrium thermodynamics and rotational barriers of secondary thiobenzanilides; Tetrahedron 72(17); 2016; 2072–2083; doi: 10.1016/j.tet.2016.02.035
- Mudroňová Kateřina, Římal Václav, Mojzeš Peter; Effect of ribose versus 2′-deoxyribose residue in guanosine 5′-monophosphates on formation of G-quartets stabilized by potassium and sodium cations; Vibrational Spectroscopy 82; 2016; 60–65; doi: 10.1016/j.vibspec.2015.12.002
- Římal Václav, Socha Ondřej, Štěpánek Josef, Štěpánková Helena; Spectroscopic Study of Cytosine Methylation Effect on Thermodynamics of DNA Duplex Containing CpG Motif; JOURNAL OF SPECTROSCOPY 2015; 2015; Article ID 842810; doi: 10.1155/2015/842810
- Uličná Kateřina, Štěpánková Helena, Římal Václav, Hanzlíček Tomáš, Perná Ivana; NMR study of aluminium coordination in clays; WDS 13 PROCEEDINGS OF CONTRIBUTED PAPERS PART III; 2013;
- Římal Václav, Štěpánková Helena, Štěpánek Josef; Analysis of NMR Spectra in Case of Temperature-Dependent Chemical Exchange Between Two Unequally Populated Sites; CONCEPTS IN MAGNETIC RESONANCE PART A 38A(3); 2011; 117–127; doi: 10.1002/cmr.a.20214
- Sedláčková Eva, Římal Václav, Štěpánková Helena, Štěpánek Josef; NMR Investigation of Magnesium Specific Binding to DNA Duplex; AIP CONFERENCE PROCEEDINGS 1204; 2010; 236–238; doi: 10.1063/1.3295660