Laboratoře jaderné magnetické rezonance disponují několika moderními spektrometry se zaměřeními na vysoké rozlišení v kapalinách, v pevných látkách a na širokopásmovou spektroskopii ve velkém teplotním rozsahu. Spektroskopie jaderné magnetické rezonance (NMR) je poměrně univerzální neradioaktivní metoda, která využívá magneticky aktivní atomová jádra vhodných izotopů jako lokální sondy v měřené látce. Uplatňuje se při studiu atomové, elektronové a magnetické struktury různorodých látek a materiálů.
Spektra NMR jsou citlivá především na uspořádání atomů a elektronovou strukturu v okolí rezonujících jader, a umožňují tak získat informace o struktuře na atomární úrovni. Lze sledovat také dynamické chování, např. vnitřní pohyby v molekulách nebo difúzi atomů a molekul. Vybavení dále umožňuje tomografické mikrozobrazování objektů (MRI).
Řešené projekty sledují několik výzkumných směrů. Unikátní jsou NMR studia magnetických materiálů, materiálů se sníženou dimenzí nebo látek vykazujících strukturní fázové přechody, magnetické reorientační přechody a magnetoelektrické jevy. Významnou částí aktivit je studium dynamiky a struktury organických molekul a biomolekul v roztocích, nevazebných interakcí (vodíkových vazeb) v supramolekulárních komplexech a vlivu paramagnetických iontů a stabilních radikálů na relaxační procesy. Moderním směrem výzkumu je aplikace NMR pro sledování transportně strukturních vlastností porézních materiálů.
Oddělení dlouhodobě spolupracuje s domácími i zahraničními pracovišti, zejména ve Fyzikálním ústavu AV ČR, Stockholm University, AGH University of Science and Technology Krakow, Innovent Jena, University of Applied Sciences Jena, Osaka University, University Leipzig a dalšími.