| kód | název | vyučující | SIS | odkaz |
| NOFY 087 | Práce s počítačem a programování | Kužel R., Římal, V. | detaily | www |
| NFPL 183 | Moderní problémy NMR spektroskopie | Lang, J. | detaily | www |
| NFPL 186 | Seminář NMR spektroskopie vysokého rozlišení | Lang J., Hanyková L. | detaily | |
| NFPL 185 | Pokročilá spektroskopie vysokého rozlišení | Lang, J. | detaily | |
| NBCM 112 | Metody magnetické rezonance v biofyzice | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 192 | Proseminář fyziky kondenzovaných soustav | Štěpánková H., Krakovský I. | detaily | |
| NFPL 129 | Jaderné metody studia magnetických systémů | Štěpánková H., Englich J. | detaily | |
| NFPL 179 | Kvantový popis NMR | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 175 | NMR v magneticky uspořádaných látkách | Štěpánková H., Englich J. | detaily | |
| NFPL 091 | NMR vysokého rozlišení | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 184 | Seminář radiofrekvenční spektroskopie kondenzovaných látek | Štěpánková H., Pfeffer M. | detaily |
|
| NAFY032 | Fyzika živých organismů | Římal, V. | detaily | |
| NAFY037 | Radiobiologie | Římal, V., Langová, V. | detaily | |
link here
Here are supporting materials for "Flip-Flop Motion of Circular Hydrogen Bond Array in Thiacalix[4]arene", Supramolecular Chemistry, 18 (4), pp. 371-381
Asymexfit, a MATLAB program for fitting of spectral lineshape in the general case of two-site chemical exchange. By Václav Římal.
NEMO, a MATLAB program for optimal design of CPMG experiment applied for chemical exchange studies. By Kateřina Vágnerová.
Návrhy témat studentských projektů (SFG) naleznete v seznamu na stránce katedry spolu s nabídkami ostatních oddělení.
Bakalářské, diplomové a disertační práce jsou vypisovány v SIS (také včetně ostatních oddělení; seznam je vnořen níže na této stránce).
Martin Plšek, Mgr., Magnetic-resonance imaging by nutation encoding
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Martin Plšek, Bc., Investigation of the Properties of Novel Contrast Agents for Magnetic Resonance Imaging
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Petr Dvořák, Ph.D., Dynamics of hydrogen bonded networks viewed by NMR spectroscopy
vedoucí: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D.
Anna Rosenkrancová, Bc., Characterization of Novel Gd-DOTA Related Contrast Agents for Magnetic Resonance Imaging (MRI)
supervisor: RNDr. Mária Šoltésová, Ph.D.
Hana Bušková, Mgr., The presence and stability of DNA mini-hairpins
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Anton Bokach, Bc., Concentration-dependent topology of telomere DNA quadruplexes
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Mikuláš Peksa, Ph.D., Ordering, transport and rotational dynamics of adsorbed carbon dioxide in metal-organic framework Zn2(BDC)2(DABCO)
supervisor: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D.
Ráchel Sgallová, Mgr., The thermodynamics of DNA-hairpin formation
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Martin Adamec, Mgr., Nuclear magnetic resonance of Pb(x)Ba(1-x)(FeNb)0.5O3 perovskites
supervisor: RNDr. Vojtěch Chlan, Ph.D.
Hana Bušková, Bc., Melting of a methylated CpG-containing DNA double helix
supervisor: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
Václav Římal, Ph.D., NMR study of oligonucleotide structures
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Yulia Bobrova, Bc., Fluorine nuclear relaxation times in chelates with lanthanides
supervisor: Mgr. Václav Římal
Petr Křišťan, PhD., Nuclear magnetic resonance in magnetic systems
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Ráchel Sgallová, Bc., Study of LaCuAl3 structure by means of nuclear magnetic and quadrupole resonance
supervisor: RNDr. Vojtěch Chlan, Ph.D.
Ondřej Socha, Mgr., Structural properties and stability of DNA hairpins characterized by NMR spectroscopy
supervisor: Mgr. Václav Římal
Martin Adamec, Bc., Nuclear magnetic resonance study of multiferroic perovskites
supervisor: RNDr. Vojtěch Chlan, Ph.D.
Richard Řezníček, PhD., Hyperfine interactions and electronic structure of magnetite
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Ondřej Socha, Bc., Nuclear magnetic resonance study of local changes in DNA double-helix stability induced by cytosine methylation
supervisor: Mgr. Václav Římal
Miloslav Drobny, Mgr., MR spektroskopie srdce in vivo
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
Petr Dvořák, Mgr., Studium dynamického chování směsi H2O/D2O pomocí NMR relaxací
supervisor: doc. RNDr. Jan Lang, PhD.
Petr Šedivý, Mgr., MR spektroskopie pacientů s diabetem mellitus
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Karel Kouřil, PhD., Local structure of hexagonal ferrites studied by NMR
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Maria Šoltésová, PhD., Fast Dynamic Processes in Solution Studied by NMR Spectroscopy
supervisor: doc. RNDr. Jan Lang, PhD.
Mikuláš Peksa, Mgr., Studium transportu látek v pórovitých materiálech metodou PFG NMR
supervisor: doc. RNDr. Jan Lang, PhD.
Kateřina Cvešperová,Mgr.,Hyperjemné interakce v hexagonálních feritech
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Petr Dvořák, Bc.,Studium spin-mřížkové a spin-spinové relaxace NMR jader 1H ve vodě
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
Jan Matoušek,Bc., Spin-mřížková a spin-spinová relaxace NMR jader 1H v deuterovaném etanolu a butanolu dotovaném TEMPO radikálem
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
Petr Křišťan,Mgr.,Hyperjemné interakce v magnetitu a maghemitu
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Petr Schimm,Bc.,Jaderná magnetická rezonance yttrito-železitých granátů se substitucemi kobaltu a germania
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Karel Bernášek, Ing., Částečná orientace molekul kreatinu ve svalu: in vitro model
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
pozn. práce řešena v rámci mezifakultní spolupráce s FBMI ČVUT Praha.
Vojtěch Chlan, PhD, Hyperfine interactions in ferrites with spinel structure
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Ondřej Hondlík, Ing., Studium magnetických částic oxidů železa metodami jaderné magnetické rezonance
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
pozn. práce řešena v rámci mezifakultní spolupráce s FBMI ČVUT Praha.
Richard Řezníček, Mgr, Influence of cationic substitution on hyperfine interactions in magnetite
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Kateřina Cvešperová, Bc., Metody zpracování NMR signálu spinových ech
supervisor: RNDr. Zdeněk Tošner, PhD., PřF UK
Petr Křišťan, Bc., Jaderná magnetická rezonance ve vzorcích s magnetickými částicemi
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Mikuláš Peksa, Bc, Studium transportních a separačních vlastností porézních materiálů
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
Vojta Molda, Bc, Univerzální USB modul pro sběr dat a řízení fyzikálního experimentu
supervisor: Ing. Miloš Pfeffer, CSc.
Eva Sedláčková, Ing., Studium vlivu dvojmocných kationtů na lokální stabilitu DNA...
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
pozn. práce řešena v rámci mezifakultní spolupráce s FBMI CVUT Praha.
Mária Šoltésová, Mgr, Experimental investigation of selected supramolecular systems by NMR spectroscopy
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
Václav Římal, Mgr, NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Vít Procházka, PhD, Study of cobaltites and manganites by NMR and EXAFS
supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
prof. Czeslaw Kapusta, Krakow
Antonín Škoch, Bc, Měření příčné relaxaxace metodami spinového echa
supervisor: RNDr. Zdeněk Tošner, Ph.D.
Richard Řezníček, Bc, Spektra jaderné magnetické rezonance magnetitu se substitucí zinku
supervisor: Doc. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
pozn.: Práce obdžela cenu děkana MFF UK
Ondřej Novák, Bc., NMR relaxace jader 1H v glycerolu
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
Damian Rybicky,Ph.D., Nuclear Magnetic Resonance Study of Selected Ruddlesden-Popper Manganites
supervisor: Doc. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
prof. Czeslaw Kapusta (Faculty of Physics and Applied Computer Science, AGH University of Science and Technology), česko-polská doktorantura
Mária Šoltésová, Bc, Studium vodíkových vazeb v roztoku ethanolu pomocí NMR relaxací
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
pozn.: práce obdržela cenu děkana MFF UK
Václav Římal, Bc, Sledování teplotně indukovaného rozpadu dvojšroubovice DNA ....
supervisor: Doc. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
Marián Grocký, Mgr, Měření 13C NMR relaxací karbonylových skupin v proteinech
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Biofyzika a chemická fyzika
Lenka Minářová, Mgr, Experimentální studium vodíkových vazeb
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Biofyzika a chemická fyzika
Ladislav Benda, Mgr, Výpočetní studium struktury a vlastností klastrů ethanolu
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Biofyzika a chemická fyzika
Elena Gamaliy, PhD, Hyperfine Interactions in Magnetic Iron Oxides with Nonmagnetic Substitutions
supervisor: Doc. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
field of study: fyzika kondenzovaných látek a materiál. výzkum
Jaroslava Černá, PhD, NMR Imaging - demostrace základních principů
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
field of study: Didaktika fyziky a obecné otázky fyziky
Karel Kouřil, Mgr, Studium teplotní závislosti hyperjemného pole v YIG metodou NMR
supervisor: Mgr. Jaroslav Kohout, PhD
field of study: Fyzika kondenzovaných a makromolekulárních látek
Kateřina Šetková, Mgr., Studium dynamiky makrocyklických inkluzních komplexů
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Biofyzika a chemická fyzika
Pavel Srb, Mgr, Studium dynamického chování proteinů Mason-Pfizerova opičího viru
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Biofyzika a chemická fyzika
Vojtěch Chlan, Mgr, Studium hyperjemných interakcí v magnetických granátech yttria, lutecia metodou NMR a NQR
supervisor: Doc. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
field of study: Fyzika kondenzovaných a makromolekulárních látek
Jan Labuta, Mgr, Studium fázového přechodu v polymerních roztocích metodami NMR spektroskopie
Katedra makromolekulární fyziky supervisor: RNDr. Lenka Hanyková, Dr.
field of study: Fyzika kondenzovaných a makromolekulárních látek
Veronika Deckerová, Bc, Studium dynamického chování kalix[4]arenu pomocí NMR spektroskopie
supervisor: RNDr. Jan Lang, PhD.
field of study: Fyzika v medicíně
Vít Procházka, Mgr, Studium hyperjemných interakcí v GdIG metodou NMR
supervisor: Doc. Mgr. Jaroslav Kohout, PhD.
field of study: fyzika kondenzovaných a makromolekulárních látek
Alexej Shnezko, PhD, Temperanture dependence of hyperfine field on 57Fe nuclei in yttrium iron garnets with nonmagnetic substitutions
supervisor: prof. RNDr. Jiří Englich, DrSc.
field of study: fyzika kondenzovaných látek a materiál. výzkum
V látkách jako jsou alkoholy nebo voda dochází tvorbě řetězců či sítí vodíkových vazeb, které spojují různé molekuly. Jejich důsledkem jsou specifické termodynamické vlastnosti těchto látek. I když se tyto látky jeví makroskopicky homogenní, ve skutečnosti jsou tvořeny dynamicky se měnícím shluky molekul, klastry, vázánými k sobě vodíkovými vazbami. Našim cílem je stanovit jednak velikost přítomných klastrů, topologii vodíkových vazeb a charakteristickou dobu reorganizace těchto struktur. V současné době se věnujeme především zředěným roztokům ethanolu v hexanu. Zajímavým modelovým systémem jsou kalix[n]areny, které obsahují řetězec vodíkových vazeb, který je ale vázán ke kovalentnímu makrocyklu, takže se nemůže zcela rozpadnout jako např. klastr molekul ethanolu.
Hlavní experimentální technikou v tomto projektu je měření translační difúze pomocí NMR s využitím gradientů magnetického pole, z teoretických metod pak využíváme molekulové modelování a hydrodynamické výpočty.

Deoxyribonukleová kyselina, DNA, slouží jako úložiště dědičné informace ve všech živých organizmech. Základním uspořádáním je dvoušroubovice tvořená dvěma komplementárními molekulami DNA, ale v buňkách lze nalézt celou řadu dalších motivů sekundárních struktur, jako jsou vlásenky či kvadruplexy. Tyto struktury jsou stabilizovány nekovalentními interakcemi (patrovou interakcí neboli stackingem, vodíkovými můstky a hydrofóbním jevem).
DNA se účastní mnoha biologických pochodů, které závisí nejen na prostorové struktuře, ale také na její stabilitě a flexibilitě. Pomocí spektroskopie NMR vysokého rozlišení zkoumáme vlastnosti sekundárních struktur krátkých úseků DNA. Změnou teploty způsobujeme rozpad a opětovné složení dvoušroubovice nebo jiného motivu. Důkladnou analýzou experimentálních dat získáme hodnoty termodynamických veličin, které vznik a zánik struktury fyzikálně popisují. Jedinečným přínosem NMR jsou zejména detailní lokální pohled na studovanou molekulu a možnost sledování rychlosti procesů, neboli kinetiky. Experimenty na základě spolupráce s jinými pracovišti kombinujeme s dalšími spektroskopickými metodami (UV absorpcí a Ramanovým rozptylem) pro získání ucelenějšího pohledu na studovanou problematiku.
Zabýváme se zejména výzkumem stability dvoušroubovice DNA, vlivu chemické modifikace určité části molekuly (methylace cytosinu) a stability vlásenek. Vyvinutou metodiku s úspěchem používáme i na jiné dynamické systémy, kde dochází ke konformačním změnám nebo vzniku komplexů.

Ve spolupráci se skupinou doc. R. Hrabala (VŠCHT v Praze) studujeme dynamické chování matrixového proteinu Mason-Pfizerova opičího viru. Bylo prokázáno, že tvorba nekovalentních oligomérů je zásadním aspektem během skládání nové virové částice uvnitř hostitelské buňky. Nalezli jsme úzkou souvislost mezi zvýšenou vnitřní flexibilitou některých částí proteinového řetězce a schopností oligomerizace. Předmětem zkoumání je přirozená forma proteinu a dále mutované formy, u kterých se prokázal vliv na životní cyklus viru (např. R55F převádí místo skládání virové částice z cytoplazmy na buněčnou membránu, což je místo skládání částic příbuzného retroviru, HIV).
Vzhledem k tomu, že molekulární procesy probíhají ve velmi odlišných časových škálách, využíváme řadu metodik NMR spektroskopie, jako jsou měření chemických posunů, měření koeficientu translační difúze, měření relaxace jaderného spinu apod., které jsou porovnávány s moderní korelační analýzou simulací molekulové dynamiky.

Translační pohyb molekul tekutiny absorbované v porézním prostředí je charakterizován jako omezená difúze. Jedním z cílů projektu je nalezení vhodných veličin popisujících vliv daného porézního prostředí na difúzi tekutiny. Objektem studia jsou látky makroporézní (lože skleněných kuliček, keramika na bázi aluminy apod.), mesoporézní i mikroporézní.
Příkladem mikroporézních látek jsou tzv. organometalické sítě (metal-organic framework, MOF). Studujeme míru a způsob omezení pohybu molekul tekutiny (např. chloroform) uvnitř porézní sítě a termodynamiky interakci mezi tekutinou a porézní matricí. Hlavní metodikami jsou měření tvaru čáry v NMR spektru, relaxace jaderného spinu, měření translační difúze s využitím pulzních gradientů magnetického pole.
Na tomto projektu spolupracujeme s ÚFCH JH, a ÚCHP Akademie věd ČR, VŠCHT v Praze, Univerzitou v Lipsku a Univerzitou ve Stockholmu.
Běžný krystalický křemík nemá vhodné vlastnosti pro využití v optoelektronice (nízký kvantový výtěžek a dlouhá doba dohasínání luminiscence). Nanočástice křemíku s modifikovaným povrchem o rozměrech jednotek nanometrů mají tyto vlastnosti podstatně lepší. V případě organicky modifikovaného povrchu využíváme citlivosti jader 1H a možnosti jejich přímé korelace s atomy 13C nebo 29Si, v jejichž blízkosti se daný atom vodíku vyskytuje. Takové měření umožňuje určit typ funkčních skupin a prokázat jejich chemickou vazbu k atomům křemíku. Stanovení samodifúzního koeficientu umožňuje též stanovit velikost nanokrystalických částic v koloidním roztoku a stanovit tak míru agregace křemíkových nanočástic, která je nežádoucí. Na tomto projektu spolupracujeme s Fyzikálním ústavem AV ČR (prof. I. Pelant), kde křemíkové nanočástice připravují, a s Katedrou chemické fyziky a optiky MFF UK (doc. J. Valenta).

Oddělění radiofrekvenční spektroskopiese skládá ze dvou laboratoří, které velice úzce souvisejí používanou metodikou, avšak věnují se studiu rozdílných systému.
Laboratoř je vybavena NMR spektrometrem Bruker Avance 500 pracujícím s magnetickým polem 11.75 T (1H rezonanční frekvence 500 MHz). Přístroj je vybaven pro měření v kapalné fázi za současného ozařování až na třech radiových frekvencích (trojitá rezonance, např. 1H, 15N, 13C). Přístroj také umožňuje měření NMR spekter v pevném stavu za podmínek rotace vzorku pod magickým úhlem (MAS).
Laboratoř je aktuálně vybavena spektrometrem Bruker se speciální konfigurací, která umožňuje měření magnetických materiálů.
| kód | název | vyučující | SIS | odkaz |
| NOFY 087 | Práce s počítačem a programování | Kužel R., Římal, V. | detaily | www |
| NFPL 183 | Moderní problémy NMR spektroskopie | Lang, J. | detaily | www |
| NFPL 186 | Seminář NMR spektroskopie vysokého rozlišení | Lang J., Hanyková L. | detaily | |
| NFPL 185 | Pokročilá spektroskopie vysokého rozlišení | Lang, J. | detaily | |
| NBCM 112 | Metody magnetické rezonance v biofyzice | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 192 | Proseminář fyziky kondenzovaných soustav | Štěpánková H., Krakovský I. | detaily | |
| NFPL 129 | Jaderné metody studia magnetických systémů | Štěpánková H., Englich J. | detaily | |
| NFPL 179 | Kvantový popis NMR | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 175 | NMR v magneticky uspořádaných látkách | Štěpánková H., Englich J. | detaily | |
| NFPL 091 | NMR vysokého rozlišení | Štěpánková H. | detaily | |
| NFPL 184 | Seminář radiofrekvenční spektroskopie kondenzovaných látek | Štěpánková H., Pfeffer M. | detaily |
|
| NAFY032 | Fyzika živých organismů | Římal, V. | detaily | |
| NAFY037 | Radiobiologie | Římal, V., Langová, V. | detaily | |